न्यायमंडळाने मूलभूत अधिकारांच्या आरक्षणाच्या संदर्भात महत्त्वाची भूमिका बजावली आहे. भारतीय संविधानाने नागरिकांना दिलेले मूलभूत अधिकार सुरक्षित ठेवण्याची जबाबदारी न्यायमंडळावर आहे. त्या दृष्टीने न्यायमंडळाने अनेक निर्णय घेतले आहेत, त्यापैकी काही महत्त्वाचे निर्णय खालीलप्रमाणे आहेत:

1. समानतेचा अधिकार (Right to Equality):
   • न्यायमंडळाने आरक्षणाच्या धोरणांचे परीक्षण केले आहे, जेणेकरून ते समानता आणि सामाजिक न्यायाच्या तत्त्वांचे उल्लंघन करत नाही.
   • उदा. इंदिरा साहनी विरुद्ध भारत सरकार (Indra Sawhney vs Union of India) खटल्यात, न्यायालयाने आरक्षणाची कमाल मर्यादा 50% पर्यंत निश्चित केली, जेणेकरून इतर नागरिकांच्या मूलभूत अधिकारांचे उल्लंघन होणार नाही. (Indian Kanoon - Indra Sawhney vs Union of India)
2. सामाजिक न्याय (Social Justice):
   • न्यायमंडळाने आरक्षणाच्या माध्यमातून सामाजिक न्याय स्थापित करण्याच्या धोरणांना समर्थन दिले आहे.
   • अशोक कुमार ठाकूर विरुद्ध भारत सरकार (Ashok Kumar Thakur vs Union of India) खटल्यात, न्यायालयाने SC/ST/OBC च्या आरक्षणाला वैध ठरवले. (Indian Kanoon - Ashok Kumar Thakur vs Union of India)
3. मूलभूत हक्कांचे संरक्षण (Protection of Fundamental Rights):
   • जर आरक्षणाचे धोरण मूलभूत हक्कांचे उल्लंघन करत असेल, तर न्यायालय त्या धोरणाला अवैध ठरवू शकते.
   • एम. नागराज विरुद्ध भारत सरकार (M. Nagaraj vs Union of India) खटल्यात, न्यायालयाने बढतीमध्ये (promotion) आरक्षणाच्या नियमांचे परीक्षण केले आणि काही मार्गदर्शक तत्त्वे निश्चित केली. (Indian Kanoon - M. Nagaraj vs Union of India)

न्यायमंडळाने वेळोवेळी आरक्षणाच्या धोरणांचे पुनरावलोकन केले आहे आणि हे सुनिश्चित केले आहे की, ते संविधानिक मूल्यांचे आणि नागरिकांच्या मूलभूत अधिकारांचे उल्लंघन करणार नाही.