हरित क्रांतीमध्ये रासायनिक खतांचा मोठ्या प्रमाणावर वापर करण्यात आला. त्यामुळे जमिनीची सुपीकता कमी झाली आणि जमिनीतील नैसर्गिक सूक्ष्मजीवांसाठी धोका निर्माण झाला.

हरित क्रांतीमध्ये जास्त उत्पादन घेण्यासाठी पाण्याच्या व्यवस्थापनाकडे पुरेसे लक्ष दिले गेले नाही, त्यामुळे भूजल पातळी घटली.

ठराविक पिकांवर लक्ष केंद्रित केल्यामुळे इतर पारंपरिक पिकांचे उत्पादन कमी झाले, ज्यामुळे जैवविविधतेचे नुकसान झाले.

पिकांवरील किडी आणि रोगांवर नियंत्रण ठेवण्यासाठी रासायनिक कीटकनाशकांचा मोठ्या प्रमाणात वापर करण्यात आला, ज्यामुळे पर्यावरणावर आणि मानवी आरोग्यावर गंभीर परिणाम झाले.

हरित क्रांतीमध्ये वापरल्या जाणाऱ्या नवीन तंत्रज्ञानाचा आणि महागड्या निविष्ठांचा खर्च लहान आणि गरीब शेतकऱ्यांना परवडणारा नव्हता. त्यामुळे मोठे शेतकरी अधिक श्रीमंत झाले आणि गरीब शेतकरी आणखी गरीब झाले.