माशांचे वर्गीकरण त्यांच्या वंशाच्या उत्पत्ती कारणांनुसार खालीलप्रमाणे केले जाते:

1. अस्थिमीन ( bony fish): या माशांच्या वर्गीकरणामध्ये गोड्या पाण्यातील व समुद्रातील मिळून जवळजवळ २६,००० जातींचे मासे आढळतात. त्यांच्यातील काही महत्त्वाच्या जाती खालीलप्रमाणे:
   • किरण-पक्षीय मासे (Ray-finned fish): या माशांच्या पंखांमध्ये हाडांचेsupport असते. उदा. रोहू, कटला, मृगल
   • खंड-पक्षीय मासे (Lobe-finned fish): या माशांचे पंख मांसल आणि हाडांचे बनलेले असतात.
2. कास्थिमीन ( cartilaginous fish): या माशांचे सांगाडे कूर्चांचे (cartilage) बनलेले असतात. या गटात शार्क, रे (ray), आणि स्केट (skate) माशांचा समावेश होतो.
3. जबडा नसलेले मासे (jawless fish): हे मासे सर्वात प्राचीन मानले जातात आणि त्यांना जबडे नसतात. या गटात हॅगफिश (hagfish) आणि लॅम्प्रे (lamprey) यांचा समावेश होतो.

वर्गीकरण करताना, त्यांच्यातील शारीरिक रचना, डीएनए (DNA) आणि जीवाश्म (fossils)records चा अभ्यास केला जातो.