विशेष अंकेक्षण म्हणजे कायद्यातील तरतुदींचे पालन न केल्यामुळे किंवा काही गंभीर अनियमितता निदर्शनास आल्यास, शासनाच्या आदेशानुसार विशिष्ट हेतूसाठी केलेले अंकेक्षण होय.

हे खालील परिस्थितीत केले जाते:

• जेव्हा गंभीर अनियमितता किंवा गैरव्यवहार उघडकीस येतो.
• जेव्हा व्यवस्थापनाकडून कायद्यांचे योग्य पालन होत नाही.
• जेव्हा मोठ्या प्रमाणात निधीचा गैरवापर होतो.
• जेव्हा सार्वजनिक हिताचे रक्षण करणे आवश्यक असते.

उदाहरण:

एखाद्या कंपनीने कर कायद्यांचे उल्लंघन केले आहे किंवा मोठ्या प्रमाणात आर्थिक गैरव्यवहार केला आहे, अशा स्थितीत सरकार विशेष अंकेक्षणाचे आदेश देऊ शकते.