१५ व्या शतकाच्या शेवटी, इ.स. १४८६ मध्ये तत्कालीन बहामनी राज्याचे पाच तुकडे झाले. त्यामधून फुटून निघालेल्या मलिक अहमदशहा बहिरी या निजामशहाने मे, इ.स. १४९० मध्ये सीना नदीकाठी पूर्वीच्या भिंगार शहराजवळ नवीन शहर वसवण्यास सुरुवात केली. याच्या नावावरूनच या शहराला अहमदनगर असे नाव पडले.१४९४ मध्ये शहर रचना पूर्ण होऊन अहमदनगर निजामशहाची राजधानी बनले. या शहराची तुलना त्या काळी कैरो, बगदाद या समृद्ध शहरांशी केली जात असे. अहमदशहा, बुर्हाणशहा, सुलताना चांदबिबी यांची कारकीर्द असणारी निजामशाही येथे १६३६ पर्यंत टिकली.मोगल बादशहा शाहजहान ने इ.स. १६३६ मध्ये अहमदनगर काबीज केले. इ.स. १७५९ साली पेशव्यांनी अहमदनगरवर ताबा मिळवला तर १८१७ रोजी ब्रिटिशांनी अहमदनगरवर विजय मिळवला. शहरातअहमदनगरचा किल्ला, रेणुकामाता मंदिर (केडगांव) व चांदबीबी महल अशी अनेक ऐतिहासिक स्थळे आहेत. या शहराला नगर या नावानेसुद्धा ओळखतात.मराठ्यांच्या कर्तुत्वाचा उदय ज्यावेळी झाला त्यात प्रमुख घराण्यांपैकी विठोजी भोसले, मालोजी राजे भोसले, लखुजी जाधवराव निंबाळकर पवार, बाजी कदमराव हे निजामशाहीचा चौथा सुलतान मुर्तझा निजामशाह आणि पुढे मलिक अंबर ह्याच्या पदरी सेवेत होते. देवळाली प्रवरा येथील सरदार बाजी कदमराव ह्यांना साल्हेर आणि मुल्हेर हे किल्ले, किल्यावर फितवा करून मिळू दिल्या बद्दल साक्री आणि रुई ही गावे दौलताबाद ( किल्ले देवगिरी ) वरून इ.स. १५८० साली इनाम मिळाली होती. पुढे विजापुरकारांशी लढताना बाजी कदमांचा बंकापुर ( कर्नाटक ) येथे मृत्यू झाला. आजहीह्यांचे वंशज हे देवळाली प्रवरा येथे आहेत.पुढे छत्रपती शिवाजी महाराजांच्या सेवेत हे घराणे आले. खंडेराव कदम आणि बाजी (तिसरे) हे शिवाजी महाराजांचे अत्यंत विश्वासू सरदार होते. ह्यांच्या कडे किल्ले राजगडची तट सरनौबती होती. छत्रपती शिवाजी महाराजांच्या दक्षिण दिग्विजय मोहिमेत तामिळनाडू येथील वली गंडापुराम जिंकल्यावर येथील भुईकोट किल्ल्याची किल्लेदारी कदमांकडे होती. छत्रपती राजाराम महाराजांच्या जिंजी मोहिमेतही कदमांनी आपले पूर्ण योगदान स्वराज्यासाठी अर्पण केले. पानिपतच्या लढाईत ह्या घरातील सात पुरुषांनी आपला देह हिंदू धर्म रक्ष्यण्यासाठी अर्पण केलेला आहे. आज हि कदमांकडे पारंपारिक आणि दुर्मिळ अशी जुनी शस्रे जपलेली आहेत. ह्यात धोप तलवारी, गूर्ज, कट्यारी, धाली, बिचवा, हस्तिदंती गुप्त्या, भाले, शिवकालीन शिवराया आणि इतर ऐतिहासिक साधने उपलब्ध आहेत.१९४२ च्या चलेजाव आंदोलनाच्या काळात पंडितनेहरू, सरदार वल्लभभाई पटेल, मौलाना आझाद, डॉ. पी.सी. घोष इत्यादी राष्ट्रीय नेते नगरमधील भुईकोट किल्ल्यात बंदिवासात होते.‘डिस्कव्हरी ऑफ इंडिया’ हा प्रसिद्ध ग्रंथ पंडित नेहरू यांनी याच किल्ल्यात लिहिला. या ग्रंथाची काही हस्तलिखिते आजही येथे पाहण्यास मिळतात. याच किल्ल्यात डॉ. पी.सी.घोष यांनी ‘हिस्ट्री ऑफ एन्शंट इंडियन सिव्हिलायझेशन’ हा ग्रंथ शब्दबद्ध केला. तसेच डॉ. बाबासाहेब आंबेडकर यांनी ‘थॉट्स ऑफ पाकिस्तान’ व मौलाना आझाद यांनी ‘गुबार - ए - खातिर’ हे ग्रंथ याच शहरात लिहिले.